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管理工程系具有悠久的历史，其前身是成立于1984年的系统工程研究室和成立于1985年的管理信息教研室，1997年由两者合并成立管理工程系。目前拥有电子商务本科专业、管理科学与工程一级学科硕士点、工业工程专业学位硕士点、管理科学与工程一级学科博士点及博士后流动站。经过多年努力，管理工程系学科专业建设成绩突出，管理科学与工程学科是黑龙江省重点学科，在全国102所高校中排名第24（2012年教育部学位中心一级学科评估）；电子商务专业是黑龙江省重点本科专业，在全国295所高校中排名第15（2016年中国大学及学科专业评价报告）。

管理工程系现有教师15人，教授4人、副教授6人、讲师5人，全部具有博士学位，其中，博士生导师3人，硕士生导师11人。管理工程系教师在经济管理领域做出了突出贡献，其中赵金楼教授为黑龙江省和哈尔滨市专家顾问委员会委员、中国系统工程学会船海系统工程专业委员会主任；范德成教授为中国管理科学与工程学会常务理事、哈尔滨市专家顾问委员会委员；宋艳教授是中国科协第八次全国代表大会代表，曾获ISCRAM协会特别贡献奖；姜金贵副教授曾获哈尔滨工程大学青年示范主讲教师。

主要研究方向有：信息技术与信息管理，管理系统工程，灾难与危机管理，船舶工业/工程管理，供应链与物流管理。其中灾难与危机管理、船舶工业/工程管理是学校特色研究方向。管理工程系的教师取得了大量研究成果，近年来在国内外重要学术期刊发表SCI、SSCI、EI、CSSCI检索论文200多篇，主持国家自然科学基金、国家软科学等国家级项目10余项，教育部人文社会科学、黑龙江省自然科学基金、黑龙江省人文社会科学等省部级项目20多项，其它企业横向课题若干项，荣获省部级科研奖励10多项。

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